กลุ่มแผนงานทางน้ำ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
1.ศึกษา วิเคราะห์ พัฒนาและวางแผนการขุดลอกร่องน้ำทางเดินเรือและทะเลภายในน่านน้ำไทย
2.ศึกษา วิเคราะห์ วางแผนงาน งบประมาณในการขุดลอก
3.ติดตาม ประเมินผล วิเคราะห์ ตลอดจนให้คำปรึกษาแนะนำ แก้ไขปัญหาในการปฏิบัติงาน
4.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย